Die Prüfungskommission ist für alle Prüfungsangelegenheiten der am Fachbereich verantworteten Wirtschaftsingeniur- und Wirtschaftsinformatik-Studiengänge zuständig. Die Kommission sorgt für die Einhaltung der Bestimmungen der Prüfungsordnungen. Sie trifft die hierfür notwendigen Entscheidungen, sofern in den Prüfungsordnungen keine andere Zuständigkeit festgelegt ist. Die Prüfungskommission wird durch den Fachbereichsrat eingesetzt. Vorsitzender der Prüfungskommission ist Prof. Dr. Jens Krüger.